Санаторий основан в 1953 году в соответствии с приказом Мосгорздравотдела № 352 от 11.04.1953 г.

Наименование учреждения при создании: Детский санаторий № 42 Мосгорздравотдела.

Приказом Комитета здравоохранения города Москвы от 09.12.1997 г. № 654 учреждение переименовано в Государственное учреждение здравоохранения города Москвы «Детский кардиоревматологический санаторий № 42» Управления здравоохранения Северо-Западного административного округа.

В 1998 году произошла ликвидация устаревшего здания, на месте которого был построен новый современный корпус, где в настоящее время проводится комплексное оздоровление детей.

В соответствии с приказом Департамента здравоохранения города Москвы от 09.12.2011 г. № 1629 учреждение переименовано в Государственное казенное учреждение здравоохранения города Москвы «Детский кардиоревматологический санаторий № 42 Департамента здравоохранения города Москвы».

С ноября 2012 года учреждение является правопреемником государственного казенного учреждения здравоохранения города Москвы «Детский бронхолегочный санаторий № 62 Департамента здравоохранения города Москвы», реорганизованного путем присоединения к учреждению на основании приказа Департамента здравоохранения города Москвы от 09.11.2012 г. № 1262.

В соответствии с приказом Департамента здравоохранения города Москвы от 09.11.2015 г. № 939 «Об изменении типа государственных казенных учреждений здравоохранения города Москвы» изменен тип учреждения на государственное бюджетное учреждение.

Учреждение имеет обособленное подразделение — филиал: Государственное бюджетное учреждение здравоохранения города Москвы «Детский санаторий № 42 Департамента здравоохранения города Москвы» – Филиал № 1 (сокращенное наименование: ГБУЗ «ДС № 42 ДЗМ» – Филиал № 1), место нахождения: 125481, г. Москва, ул. Свободы, д. 95.

С июля 2017 г. в учреждении функционирует отделение «Матери и ребенка».

С 2018 г. ГБУЗ «ДС № 42 ДЗМ» является учебной базой кафедры пропедевтики ФГБОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Министерства Здравоохранения РФ.

С 01.11.2011 г. по 10.04.2019 г. главным врачом санатория была назначена Гаджиева Саида Мердановна (переведена в Департамент здравоохранения города Москвы. С 04.10.2019 г. – заместитель руководителя Департамента здравоохранения города Москвы).

С 11.04.2019 г. по 11.04.2022 г. исполнение обязанностей главного врача было возложено на Учкину Татьяну Викторовну.

С 11.04.2022 г. по 17.09.2023 г. исполнение обязанностей главного врача было возложено на Буткевич Ирину Анатольевну.

С 18.09.2023 г. главным врачом назначена Яроцкая Ирина Анатольевна.